También en el Perú, durante las décadas de los 80 y 90 (siglo XX), surgieron los siguientes grupos terroristas:
1. Sendero Luminoso (Partido Comunista del Perú – Sendero Luminoso, PCP-SL), es una organización de tendencia maoísta. La meta de Sendero Luminoso era reemplazar las instituciones estatales peruanas con un régimen revolucionario comunista de Nueva Democracia. Desde la captura de su líder, Abimael Guzmán Reynoso, en 1992, sólo ha tenido actuaciones esporádicas. La ideología y las tácticas de Sendero Luminoso han tenido influencia sobre otros grupos insurgentes de corte maoísta como el Partido Comunista de Nepal y otras organizaciones afiliadas al Movimiento Revolucionario Internacional. Ampliamente condenado por su brutalidad, que incluye violencia aplicada contra los campesinos, dirigentes sindicales, autoridades elegidas y la población civil en general, es considerada una organización terrorista por el Estado Peruano, además de la Unión Europea y Canadá los cuales prohíben proveerle de fondos u otro apoyo financiero. Además Sendero Luminoso está en la lista de organizaciones terroristas extranjeras del Departamento de Estado de los Estados Unidos.
2. Movimiento Revolucionario Túpac Amaru, fue liderado por Víctor Polay Campos, y tras su captura y encarcelamiento en Julio de 1992; por Néstor Cerpa Cartolini, hasta su muerte en abril de 1997 durante el asalto a la residencia del embajador de Japón. En diciembre de 1996 un grupo armado de sus miembros tomó la residencia del embajador japonés en Lima, capturando a 600 rehenes pertenecientes a los sectores más encumbrados de la vida política y económica peruana, en lo que fue la última gran acción terrorista en la historia del Perú. El hecho tuvo como desenlace el asalto de la embajada por fuerzas especiales del ejército, en la Operación Chavín de Huántar. Durante el asalto murieron los 14 terroristas, 1 rehén y 2 comandos en el operativo militar llevado a cabo para liberar a los 72 rehenes que permanecían cautivos.
3. Comando Rodrigo Franco: los asesinatos del abogado Manuel Febres Flores (conocido defensor de casos de terrorismo) y del líder sindical Saúl Cantoral Huamaní, fueron llevados a cabo por integrantes de este escuadrón de la muerte, quienes se autodenominaron con el nombre de un miembro del APRA considerado honorable a carta cabal.
4. Grupo Colina: operó durante el gobierno de Alberto Fujimori y Vladimiro Montesinos, a inicios de la década de 1990. El grupo fue dirigido por el capitán del Ejército Santiago Martín Rivas. El grupo fue parte de una estrategia denominada guerra de baja intensidad del gobierno de turno (Barrios Altos, La Cantuta). Sus integrantes aprovecharon el grupo para realizar todo tipo de venganzas personales como el asesinato de Mariela Barreto, las torturas a Leonor La Rosa, y la persecución política generalizada.
5. El narcoterrorismo, es el obstáculo más importante para implementar la descentralización en Regiones como Loreto, San Martín, Amazonas, Huanuco, Junín, Ucayali y Ayacucho. Comandos de aniquilamiento del narcoterrorismo, actúan en las cuencas del Huallaga y el Valle del Río Apurímac.
El crecimiento de la agricultura cocalera, así como la elaboración de pasta básica de cocaína (PBC) y cocaína; han generado segmentos sociales, así como poderes locales distritales y provinciales, cuya actividad ilícita requiere de la protección que realizan destacamentos armados. Estos grupos también atentan contra los ecosistemas agrícolas, arrojando los residuos de sus insumos a los ríos; y utilizando sistemas convencionales de corte y quema en bosques de protección de la Ceja de Selva.
Son métodos terroristas: a) los atentados contra la vida de una persona que puedan causar la muerte; b) los atentados contra la integridad física de una persona; c) el secuestro o toma de rehenes; d) las destrucciones masivas a un gobierno o a instalaciones o públicas, sistemas de transporte, infraestructuras, incluidos los sistemas de información, plataformas fijas emplazadas en la plataforma continental, lugares públicos, o propiedades privadas que puedan poner en peligro vidas humanas o producir un gran perjuicio económico; e) el apoderamiento de aeronaves y de buques o de otros medios de transporte colectivo o de mercancías; f) la fabricación, tenencia, adquisición, transporte, suministro o utilización de armas de fuego, explosivos, armas nucleares, biológicas y químicas e investigación y desarrollo de armas biológicas y químicas; g) la liberación de sustancias peligrosas, o provocación de incendios, inundaciones o explosiones cuyo efecto sea poner en peligro vidas humanas; y la perturbación o interrupción del suministro de agua, electricidad u otro recurso natural fundamental cuyo efecto sea poner en peligro vidas.
Los terroristas han utilizado habitualmente armas cortas o semiautomáticas. Algunos grupos integristas como Hezbolá han llegado a tener misiles antiaéreos. También es muy común el uso de bombas caseras de potencia variable, llegando a usar en algunos casos el propio cuerpo de los terroristas como vector de aproximación de la bomba.
Cuando lo que se ha pretendido es un magnicidio a una distancia segura de su dispositivo de seguridad se suelen utilizar rifles con mira telescópica. Los tipos de bomba más comunes suelen ser: cócteles molotov, bombas con temporizador o activables a distancia, bombas trampa, granadas de mano; e incluso armas de destrucción masiva biológicas y químicas.