Por insistencia del fiscal especial Walter Milla, se pudo conocer un hecho que, hasta entonces, había pasado desapercibido en el caso Petroaudios. A primeras horas de la mañana del 4 de mayo del 2009, un desconocido invadió la oficina de la jueza María Martínez y perpetró el borrado de información de dos USB incautados a Giselle Gianotti, ex empleada de la empresa Business Track.
Los archivos eliminados, que supuestamente contendrían comunicaciones entre los implicados Rómulo León, Alberto Químper y el empresario dominicano Fortunato Canaán y políticos de actual gobierno, han desatado las críticas de la oposición, que opina que la impunidad está socavando esta investigación, así como la anulación del juicio, toda vez que algunos especulan que la misma jueza habría borrado los archivos para evitar involucrar a estos miembros del gobierno.
Aunque el presidente del Poder Judicial, Javier Villa Stein, ha declarado que los archivos están seguros y descarta cualquier borrado, lo cierto es que el escándalo otra vez golpea la institucionalidad de la judicatura y sus altos valores. Se habla de que habría un programa que recuperaría los archivos eliminados, lo cual – enhorabuena – serviría para paliar en algo su maltratada imagen y acabaría, o continuaría, con las versiones antojadizas que se han propagado en estos días.