Desde los tiempos virreinales, los padres franciscano iniciaron su rica colección bibliográfica, que hoy bordea los 25 mil volúmenes. No por casualidad, los frailes destinaban, desde el siglo XVI, el 5% de las limosnas para adquirir libros en Lima o traerlos de España (hay documentos de los cajones de libros encargados en la Península). La colección también se nutrió de los volúmenes que regalaban o dejaban en herencia los propios frailes y de donaciones de terceros.
Según la información brindada por la propia Orden, entre su colección existen raras ediciones Aldinas, Elzevirianas y Plantinianas; figuran “incunables” y crónicas franciscanas de los siglos XV al XVIII. Asimismo, un Atlas o Teatro de todo el mundo de mediado del siglo XVII; algunos tomos del primer Diccionario editado por la Real Academia de la Lengua Española, la conocida Biblia Regia editada en Amberes entre 1571–1572; más de 6 mil pergaminos; y numerosas obras de jesuitas, agustinos, benedictinos y carmelitas. Ya en tiempos republicanos, la lista se incrementó con obras en distintos idiomas y diversas disciplinas como: Teología, Literatura, Historia, Filosofía, Música, Geografía, Derecho Canónico, Derecho Eclesiástico, Obras Predicables, biblias, etc. Hay obras escritas en latín, español, francés, portugués e italiano.
Lamentablemente, no todos los libros están catalogados por la falta de recursos en contratar un equipo de bibliotecólogos, lo cual es un peligro. Asimismo el estado de conservación de muchos volúmenes es muy precario, pues han sido atacados por la humedad o las polillas; no se sabe qué porcentaje de la colección está afectada por ese problema. Cabe resaltar, además, que los franciscanos no solo cuentan con esta valiosa biblioteca; habría que agregar la del Convento de los Descalzos (Rímac), el Convento de Ocopa (Junín) y las de sus conventos en Cuzco y Arequipa. Por último el recinto de la biblioteca es muy bello. Data del siglo XVIII, predomina la madera y su disposición y mobiliario corresponden a los cánones de la Ilustración, como un buen sistema de iluminación “natural” y ventilación. Recordemos que, por seguridad, se evitaba usar velas en estas bibliotecas conventuales. El acceso a los libros está restringido; solo tienen acceso a ellos los mismos frailes o los investigadores acreditados.