Tras la salida de Bolívar, de 1826 a 1836, el Perú tuvo varios presidentes, todos ellos caudillos militares. Algunos defendían opiniones conservadoras y políticas autoritarias (como Salaverry o Gamarra); otros eran tímidos portavoces de un liberalismo republicano que ahora distraía su atención en ataques estériles y muchas veces impopulares contra la Iglesia (como La Mar y Orbegoso).
En 1827 el Congreso eligió presidente a un militar débil de carácter como José de la Mar. Su gobierno promulgó en 1828 una constitución liberal, pero el régimen no pudo funcionar adecuadamente debido a un conflicto con la Gran Colombia. Bolívar nos había declarado la guerra porque nos habíamos escurrido de sus planes federativos. El conflicto terminó sin un vencedor claro por lo que La Mar firmó el armisticio de Piura para poner fin a las hostilidades y nombrar una comisión de límites. Sin embargo desde Lima un partido de militares autoritarios, encabezado por Gamarra y La Fuente, hace un golpe de estado. La Mar es exiliado a Costa Rica.
Agustín Gamarra fue el único militar que pudo completar su mandato de cuatro años: de 1829 a 1833. Dictatorial y sin escrúpulos, pidió sin éxito autorización al congreso para invadir Bolivia y anexarla al Perú. También puso fin al problema con la Gran Colombia firmando el tratado Larrea-Gual y reconoció la independencia de Ecuador en 1832 con el tratado Pando-Novoa. Internamente tuvo que aplastar 17 actos subversivos que pretendieron expulsarlo del poder, razón por la cual tuvo que abandonar varias veces Lima para enfrentarlos. Finalmente, un grupo liberal, encabezado por Luna Pizarro y Gonzáles Vigil, lograron desde una Convención Nacional destituir a Gamarra y nombrar a Luis José de Orbegoso como “presidente provisional”.
El accidentado gobierno de Orbegoso, que promulgó otra constitución liberal en 1834, tuvo que hacer frente a los militares autoritarios desplazados por la Convención Nacional. Gamarra y Pedro Bermúdez encabezaron la oposición desatándose una guerra civil en 1834. Esta formalmente terminaría en el célebre Abrazo de Maquinguayo donde los generales Bermúdez y Orbegoso decidieron no pelear y concertar la pacificación del país.
Jarana peruana, según Pancho Fierro
Las buenas intenciones no duraron mucho tiempo. A principios de 1835 un joven general autoritario se acuarteló en el Callao. Era Felipe Santiago Salaverry. Derrocó al régimen liberal de Orbegoso e impuso un gobierno conservador que tuvo el apoyo de Lima y de la costa norte pero no necesariamente el de las otras regiones.
Estaban así las cosas cuando diversos acontecimientos hicieron posible el plan de volver a unir al Perú y a Bolivia. El proyecto de la Confederación Perú-boliviana fue ideado por Andrés de Santa Cruz quien era presidente de Bolivia desde 1829. Gamarra entró en conversaciones con Santa Cruz y decidieron unir ambos países sobre la base de tres estados confederados: Nor Peruano, Sur Peruano y Bolivia.
Mientras tanto Orbegoso, derrocado por Salaverry, también buscó la ayuda de Santa Cruz. Estos pactaron también establecer la Confederación y devolverle a Orbegoso sus poderes arrebatados por Salaverry. Este pacto obligó a Gamarra pasarse al bando de Salaverry, y con un ejército se enfrentó a Santa Cruz en Yanacocha donde fue derrotado. Finalmente cuando buscaba refugio en Lima, Gamarra fue exiliado por los seguidores de Salaverry quienes lo consideraron muy ambicioso.
La tarea de Santa Cruz y Orbegoso era ahora deshacerse de Salaverry. Esto ocurrió en Socabaya. Allí el joven general fue derrotado y luego enviado a Arequipa donde fue fusilado en la plaza de armas. Muerto Salaverry y Gamarra desterrado, Santa Cruz estableció la Confederación. El proyecto tenía raíces históricas pues la independencia no había cortado los vínculos entre la sierra sur y Bolivia. Por ello el sur del Perú, con su base en Arequipa, se convirtió en un estado independiente en el seno de la confederación apoyando siempre a Santa Cruz.
En el resto del Perú el proyecto no era popular. La élite de Lima lo consideraba una invasión boliviana, la “unidad nacional” estaba en peligro. En Bolivia tampoco había apoyo. Su élite quería guardar celosamente el poco poder que había conseguido tras la independencia.
Chile también consideraba que la Confederación era un peligro para su futuro. El nuevo bloque de poder era una amenaza a su independencia y era un competidor inaceptable en la vida económica del pacífico sur. Alentado por su ministro Diego Portales el gobierno chileno declaró la guerra a la Confederación enviando dos campañas “restauradoras”.
Numerosos peruanos desterrados en Chile (Gamarra, Vivanco, Castilla y Pardo y Aliaga, entre otros) alentaron al país del sur en su guerra contra Santa Cruz. Con el apoyo de los emigrados peruanos, Chile envió una primera expedición dirigida por Manuel Blanco Encalada que fracasó en Paucarpata. La segunda, al mando de Manuel Bulnes, sí tuvo éxito y derrotó a Santa Cruz en Yungay. El sueño de la Confederación había llegado a su fin y desde ese momento Chile construiría su hegemonía militar y comercial en el Pacífico sur.
Luego de Yungay, Gamarra fue de nuevo presidente. Un congreso reunido en Huancayo promulgó la constitución conservadora de 1839. Esta contempló un ejecutivo fuerte y un gobierno demasiado centralista que suprimió las municipalidades e ignoró las diversidades regionales. Pero a Gamarra no le bastaba con gobernar el Perú. Invadió Bolivia para establecer otra confederación pero con hegemonía peruana. Los bolivianos se unieron. En noviembre de 1841 lo derrotaron y mataron en la batalla de Ingavi, uno de los ejemplos más claros de autodestrucción entre los caudillos peruanos.
Luego del desastre de Ingavi el Perú quedó envuelto en otro ciclo anárquico. Desde 1842 a 1845 no hubo un líder fuerte y el país sufría las amenazas de los bolivianos en el sur y de los ecuatorianos por el norte. Se sucedieron varios gobiernos efímeros en medio de una cruenta guerra civil. En 1843 Manuel Ignacio de Vivanco estableció un régimen llamado el “Directorio”, un ensayo tardío de despotismo ilustrado. La estabilidad solo pudo restaurarse cuando Ramón Castilla derrotó a Vivanco en Carmen Alto. Pronto, gracias a los ingresos del guano, Castilla se convirtió en el nuevo hombre fuerte del país.
Uniforme del general Gamarra