Como habíamos mencionado, en 1899 Piérola y los civilistas se unieron para poner a Eduardo López de Romaña, un hacendado azucarero, en el gobierno para el período 1899-1903. Durante su administración, aparte de quebrarse en definitiva el compromiso político entre civilistas y demócratas, se deterioraron las relaciones con Chile debido a la persecución contra los peruanos en Tacna y Arica. Al término de su mandato una nueva alianza, ahora entre los civilistas y el Partido Constitucional de Cáceres, llevó a Manuel Candamo, ex-alcalde de Lima y exitoso hombre de negocios, al poder (1903-04). Candamo no pudo culminar su mandato debido a una grave enfermedad que lo llevó a la muerte prematura. A pesar de ello, dio cabida en el Consejo de Ministros a miembros de la nueva generación de civilistas como Leguía y Pardo.
A la muerte de Candamo se producen al interior del civilismo discusiones en torno al candidato ideal del partido, y luego de una polémica generacional el designado fue José Pardo y Barreda, hijo del fundador del civilismo. Pardo fue Presidente de la República durante el periodo 1904-1908. Durante su administración se apoyó la instrucción convirtiendo las escuelas públicas, que eran municipales, en escuelas fiscales o del Estado; asimismo, de acuerdo al objetivo educacional se creó el Instituto Histórico (hoy Academia Nacional de Historia), se fundó la Escuela Normal de Varones (hoy Universidad Enrique Guzmán y Valle), se abrió la Escuela Nacional de Artes y Oficios (ahora Politécnico José Pardo) y se inauguró el Museo Nacional de Historia.
Al culminar su gobierno Pardo apoyó a Leguía. Ya en el poder, el futuro líder del Oncenio mostró, entre 1908 y 1912, una clara tendencia personalista y autoritaria que lo llevó a distanciarse de su propio partido. Muchos jóvenes intelectuales, como José de la Riva-Agüero y Víctor Andrés Belaúnde, lo combatieron. Los pierolistas tampoco lo toleraron y varios de sus miembros, el 29 de mayo de 1909, lo apresaron en Palacio y a empujones lo quisieron obligar a renunciar en la Plaza del Congreso; la asonada de la oposición fracasó y Leguía recuperó su libertad. Fortalecido entonces, Leguía, el “hombre hecho a sí mismo”, resolvió a llevar la gestión gubernamental a su modo y hubo dos temas que lo inquietaron: el manejo presupuestario y la política exterior.
En cuanto al primero, cuestionó el histórico laissez faire de los civilistas y propuso sustanciales aumentos en el gasto público. En el segundo campo, su gobierno quiso resolver temas fronterizos aún pendientes, especialmente el diferendo con Chile producto del Tratado de Ancón. En efecto, la ciudadanía reclamaba una solución digna ante el plebiscito de Tacna y Arica. Esos años habían sido de intensa represión contra los peruanos con la llamada “chilenización” por parte de las autoridades de la ocupación. El conflicto quedó sin resolverse hasta 1929. Con Bolivia hubo peligro de guerra al no haber aceptado el gobierno de La Paz el fallo argentino; finalmente se firmó el Tratado Polo-Bustamante en 1909. Ese mismo año se firmó con Brasil el Tratado Velarde-Río Branco por el cual se acordaron políticas de desarrollo en la extensa región de la Amazonía; también fijaron límites definitivos entre ambos países en la zona del río Ucayali. De otro lado Colombia y Ecuador reclamaban derechos sobre Maynas. Con el primero hubo serias escaramuzas en los ríos Caquetá y Putumayo. Con Ecuador, tras la redacción del polémico Tratado García-Herrera (1890) se decidió llevar el diferendo al arbitraje del Rey de España. En 1910 la situación se complicó cuando el gobierno de Quito supuso que la mediación española sería favorable al Perú. Lógicamente el árbitro se abstuvo de dictar su fallo. Las pretensiones ecuatorianas quedaron en suspenso hasta la firma del Protocolo de Río de Janeiro.
Su estilo arbitrario de gobernar llegó a su clímax cuando trató de manejar las elecciones al Congreso disolviendo la Junta Electoral Nacional. Muchos civilistas entonces, formaron un bloque anti-Leguía en el Congreso (“El Bloque”) y, luego, al conseguir Leguía mediante esa maniobra mayoría parlamentaria, formaron el Partido Civilista Independiente. Dividido el civilismo por acción de Leguía y por las cada vez mayores presiones de los obreros, el control civilista del país se tambaleó momentáneamente.
Manuel Candamo y José Pardo y Barreda