La iglesia de Jesús María y José, a la que también se le llama “Sagrada Familia”, se construyó entre 1723 y 1735. Está junto a la Catedral, a su torre del Evangelio, y es una magnifica construcción de piedra. La fachada es lisa, casi herreriana. La portada es un arco de medio punto entre dos fuertes columnas salomónicas, con capitel corintio; la calle central continúa en un frontón partido que da paso a una ventana coral. Las calles laterales, a su vez, se dan entre columnas como las ya vistas y cada una alberga un nicho vacío. Viene luego un friso con los monogramas de Jesús, María y José, coronándose el edificio con dos espadañas de tres ojos y otras tantas campanuelas. Al centro hay aun gran ático que contiene, en un nicho grande, a Dios, y abajo a la Sagrada Familia; en nichos laterales están santa Ana y san Joaquín, los abuelos maternos de Jesús.
El templo posee un magnífico retablo mayor de cedro, hecho en 1737, barroco, tallado y dorado, de tres cuerpos y tres calles, con imágenes y lienzos antiguos en su mayoría y un hermoso frontal de plata, bellamente trabajado, así como el sagrario, las gradillas y el tabernáculo, todo de muy buena factura. Consta que en 1745, José Pardo de Figueroa, Marqués de San Lorenzo de Valleumbroso, donó el frontal de plata, mayas, blandones y otras alhajas, así como una lámpara de plata y otra de cristal. Desde entonces el templo luce más esplendoroso.
Las pinturas del interior se deben al indio noble Antonio Sinchi Roca. Los cuadros se titulan la Eucaristía, la Penitencia y el Bautizo, que posiblemente formaron parte de una serie dedicada a los Sacramentos. En otro lugar, estaba pintado el retrato del obispo Gabriel de Arregui, quien, en 1623, inició la construcción del templo.