Sin duda, es el mejor templo del Cuzco. Los jesuitas iniciaron su construccción en 1571, edificándola por segunda vez entre 1651 y 1675. El cura ignaciano Fructuoso Viesa fue el autor de la fachada actual, aunque su ejecución se debe a Diego Martínez de Oviedo, quien la hizo en 1664, acentuando la altura del cuerpo y disminuyendo la de los campanarios. Estos últimos inauguraron en el Cusco la claraboya elíptica en cada frente, añadiendo tambor octogonal con ventanas en los ejes y chaítel semiesférico con fajas radiales rematadas en un pináculo. Las torres se contemplan con templetes en los ángulos, uniéndose ambos con una gran cornisa ondulada que protege las tres calles y tres cuerpos de fachada. El resto de la iglesia fue obra del jesuita flamenco Juan Bautista Egidiano, quien dirigió su creación entre 1651 y 1675, tiempo que, como vimos, duró la nueva construcción. Está reconocido como templo de predicación, por concretarse a una sola nave y haber rechazado las demás en aras de la acústica. Aunque algunos la reconocen inspirada en un plateresco xilomorfo, la compañía cusqueña es un monumento eminentemente barroco.
Interiormente la Compañía impresiona por su cúpula de piedra. El tambor tiene ocho ventanales con galería balustrada y bajo su cornisa se abren las pechinas, también pétreas, con medallones con el jesuítico JHS sostenido por un infante. En lo alto de cada medallón y como cartelas flameantes, están los monogramas de José y de María. Cuatro arcos se abren bajo esta cúpula delante del presbiterio, sostenido cada dos por un recio pilar que exhibe cuatro columnas coríntias y cada dos de ellas alojan una hornacina para un Evangelista de bulto, policromado y carnado. El presbiterio, el crucero y la bóveda de la nave única, exhiben nervaduras góticas, pues toda la cubierta superior es de ladrillo y los nervios revestidos con yeso. A los lados del presbiterio hay dos balcones de cajón embutidos, no salientes, calados y dorados, de muy fina labor.
El altar mayor es soberbio y, sin duda, el mejor altar barroco del Cusco. Tiene cinco calles y cuatro cuerpos en su calle central, tres en las laterales y sólo uno en las extremas, que son oblícuas. El tabernáculo representa la Anunciación en bella talla de madera, encima está la Trinidad y en lo alto la Virgen orante, un lienzo de Jesús resplandeciente y por último, en bulto, San Ignacio superado por un medallón que representa al Padre Eterno mostrando su obra creacional. Las calles laterales son riquísimas en imágenes y lienzos así como en labras doradas retorcidas y en gruesas columnas salomónicas o rectas.
El púlpito también es notable. Su cátedra, que termina en un florón abierto y aperillado, la sostienen cuatro bustos de doncella perdiéndose en hato la parte inferior de sus cuerpos; la cátedra tiene cinco paneles barrocos con Doctores de la Iglesia, todos con birrete y esclavina roja, alba blanca y sotana colorada, con un libro en la mano izquierda y una pluma en la derecha; entre hornacinada y hornacina hay una columna salomónica cuyo pedestal es una cara diabólica. El tímpano, dorado y hasta sencillo, retrata a San Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús en talla dorada, policromada y carnada. El tornavoz tiene siete cresterías de tres pináculos cada una y encima una escultura en bulto de San Francisco Javier predicando.
En los flancos altos del templo, el pintor Marcos Zapata ejecutó en varios lienzos la vida de San Ignacio de Loyola. El coro alto es barroco, con barandal dorado, labrado y centrado por un retablo pequeño de la Virgen en imagen del bulto. En el sotacoro de arco distendido hay dos cuadros matrimoniales famosos: el de Martín García de Loyola, sobrino de San Ignacio, con la Ñusta doña Beatriz, hija de Sairi Túpac, el penúltimo Inca de Vilcabamba, lienzo que está al lado del Evangelio; ; y el de la hija de este enlace Magdalena de Loyola con don Juan de Idiáquez, que está en el lado de la Epístola. La iglesia presenta igualmente en sus pilastrones los cuadros de figura entera de los grandes santos jesuitas ya vistos a los que se añaden los de los también santos ignacianos San Francisco de Borja, San Luis Gonzaga, San Pedro Canisio, San Estanislao de Kotzka y San Francisco Regis.
