La historia de Surco la podríamos retroceder hacia el año 1000 de nuestra era cuando las faldas del actual Morro Solar de Chorrillos empezó a ser poblado por gente que luego formaría parte del señorío de Sulco o Armatambo, uno de los curacazgos más importantes de
De otro lado, el curacazgo se subdividía en cuatro ayllus o parcialidades: Itcar, que tenía entre cuatro y cinco aldeas; Calha, grupo que aparentemente era de tejedores; Taulli, cuya llacta o aldea principal se denominaba Centaulli; y Cumchán, que llegaba hasta Pachacámac. En este último ayllu había muchas lagunas con lisas, y espesos totorales, con los que se fabricaban caballitos de totora en que se hacían a la mar los pescadores. La típica embarcación con la que se viajaba desde Pachacámac a Piti Piti (antiguo nombre del Callao). En toda esta zona se adoraba a Sulcovilca, la máxima deidad de los pescadores, de los tejedores y de los labradores lugareños. El poderoso dios local tuvo varios adoratorios y el ídolo era una “inmensa roca plana como una mesa” que Juan de Arona admiraba en pleno siglo XIX, salpicada por la espuma de las olas. Estaba “puesta allí sin duda por algún derrumbamiento”, pues no parecía profanada por la mano del hombre. La “piedra larga” o “roca plana”, coincidía con el lugar que habían usado los pescadores surcanos para bajar al océano para invocarle buena pesca antes de zarpar en sus caballitos de totora.
La llegada de los españoles, en el siglo XVI, provocó una crisis en Armatambo y en todo el señorío. Inmediatamente después de la fundación de Lima, Pizarro nombró al soldado Antonio Solar “encomendero de Surco y Barranca”. Se le encomendaron los indios de Armatampu, sede del curaca de Sulco, con algo más de cien purics o jefes de familia aptos para la tributación (de allí el nombre de Morro Solar). Antonio Solar participó en la guerra contra Manco Inca, en la lucha entre almagristas y pizarristas y en la rebelión de los encomenderos contar la Corona. En todas estas luchas contó con la participación de sus indios, muchos de los cuales murieron o por el combate o por las epidemias. Solar murió el 4 de noviembre de 1557, luego de recibir los sacramentos, y fue sepultado en el templo de San Francisco. Con su fallecimiento también “murió” el nombre yunga de sulco y surgió el de Surco, más fácil de pronunciar para los españoles.
Los indios quedaron casi a la deriva hasta que, en 1570, durante la administración del virrey Francisco de Toledo, se ordenó la concentración de sus habitantes en la reducción de indios ubicada en el actual Surco Viejo. Al año siguiente, a los Jesuitas se les asignó el lugar donde construirían la iglesia Santiago Apóstol, en la plaza del pueblo. Fue levantada por el arquitecto jesuita Juan Rher; es de estilo barroco, tiene una sola nave de cañón corrido y cuenta con una cripta subterránea. En el altar mayor destacan las imágenes de la Virgen Inmaculada, Santiago Apóstol y Jesús Nazareno, todas ellas obsequiada por el Rey Felipe II de España. También está la Imagen del Cristo de la Agonía, famosa reliquia venerada durante los días de la Semana Santa.
Durante la colonia, Surco sirvió de residencia temporal a varios virreyes debido a las bondades del clima. Por ejemplo, el Conde de Castellar residió aquí en los años de la década de 1670. Aquí nació su único hijo, quien, ya adulto, mandó a forrar en plata la pileta de la Iglesia Santiago Apóstol. Otro virrey, el Duque de la Palata, preparó en este valle su memoria de gobierno.