Luego de sus incursiones por la Selva Central, los franciscanos se convencieron de la necesidad de contar con un convento, un “centro de operaciones”, donde preparar el personal que trabajaría en las conversiones de los indios de la región y también que pudieran auxiliar a las misiones ante cualquier eventualidad. De esta manera, convinieron en solicitar el anexo de Santa Rosa de Ocopa, en el valle de Jauja, para tal objetivo.
De esta manera, el 19 de abril de 1725, bajo el impulso de fray Francisco de San José, se autorizó la apertura de un hospicio de conversiones en Ocopa para, según el padre Amich que “en él se pudiesen curar los enfermos que salían de la montaña, y prevenirse los que hubiesen de entrar en ella”. Al año siguiente, fue ampliado el hospicio y, en 1732, se solicitó al Rey de España el permiso para establecer en el hospicio un seminario de misioneros.
Mención aparte merece el padre Francisco de San José, quien ya había trabajado en restaurar las misiones de panayahua, de Chanchamayo y Perené, y en fundar las de Pozuzo y Tilingo. Abrió nuevos caminos y, con los refuerzos que recibió desde España, continuaron fundando los pueblos de Chanchamayo (1732-33), en las riberas de los ríos Perené, Pangoa y Huallaga. De Ocopa, además, partieron las expediciones al Gran Pajonal y a las pampas del Sacramento, llevadas a acabo por los padres Juan de la Marca y Simón Jara, respectivamente. Al momento del fallecimiento del padre San José (1736), su obra siguió en expansión, pero algún tiempo después (1742), la rebelión de Juan Santos Atahualpa desbarató la obra misional, pues su levantamiento, como veremos más adelante, afectó las regiones de Chanchamayo, Perené, Pangoa, Gran Pajonal, Pachitea, Palcazu y Alto Ucayali.
Está claro, pues, el rol que jugaría Ocopa en las campañas misioneras de la selva central sería de primera importancia. Los franciscanos organizaron y planificaron, desde allí, sus entradas a la Amazonía, así como también se determinarían los lugares de las nuevas conversiones. Además, desde Ocopa se apoyaron las expediciones y exploraciones de nuevas rutas de penetración al Oriente. No cabe duda que con la apertura de Ocopa así como del Colegio de Misioneros se reforzó la política misional de los seguidores de San Francisco de Asís. Y no solo hay que destacar la obra del padre San José sino también la de otros nombres ilustres de la orden franciscana como José Amich, Pedro Gonzáles Agüero, Alonso Abad y Manuel Sobreviela.
El padre Amich, quien había sido piloto de la Real Academia Española, trazó los primeros mapas de las misiones franciscanas y el primer relato histórico del convento de Ocopa. Por su lado, el padre Abad dio su nombre al boquerón que descubriera en 1757. El padre Sobreviela, notable científico, intuyó que el progreso de las misiones iba ligado al de la industria, el comercio, los caminos y la agricultura; llegó a tener 85 misioneros bajo su mano quienes, a su vez, cuidaban de 31 mil nativos, agrupados en 103 pueblos. Otros nombres destacado de esta época heroica misional fueron los padres Alonso Carvallo, Buenaventura Márquez, Narciso Girbal y Francisco Álvarez Villanueva.
Como escribió con razón el padre Heras, “Ocopa era el punto de partida de todos los caminos que recorrían las misiones de la selva peruana y meta donde terminaban todas las jornadas que imponían obligado descanso. De él han salido durante 250 años cumplidos, esforzados soldados de la fe a luchar el buen combate”.
Pero el proceso de ocupación misionera de la selva central estuvo acompañado por el establecimiento de grandes y medianas propiedades agrícolas, con numerosos campesinos andinos de mano de obra. El mayor número de haciendas se concentró en los valles de Vitoc y Chanchamayo, casi todas ellas de propietarios tarmeños, y su producción se centraba en aguardiente de caña, coca y textiles para abastecer al mercado minero de Cerro de Pasco.
Los franciscanos también entraron al circuito comercial. En sus misiones producían caña para la elaboración de azúcar, melazas y aguardiente. Fueron famosos, por ejemplo, los extensos cañaverales que administraban en la misión de Quimiri, donde se menciona la existencia de un trapiche de bronce; también se menciona la existencia de otro trapiche en la misión de Eneno, próxima al Cerro de la Sal. A la producción de de coca y caña se añadían los cultivos de panllevar, donde los indios estaban obligados a trabajar tres días por semana. Todo parece indicar que las mayores rentas que recibían los franciscanos provenían de la producción de aguardiente.
Sin estos ingresos, por último, es difícil entender cómo los franciscanos pudieron financiar sus expediciones de evangelización, el mantenimiento de las misiones, la construcción y ornamentación de sus conventos e iglesias y la compra de artículos para distribuir entre los indígenas.