Esta iglesia ha sido muy reconstruida y entre sismos e incendios pareciera haber perdido mucho de lo que atesoraba. Sus altares son relativamente modernos, neogóticos los más de ellos, conserva pocos lienzos y menos imágenes de vestir. Sin embargo, su antiguo púlpito es una pieza de excepción.
El púlpito de la iglesia, deja de ser barroco para admitir influencias mudejares y renacentistas. La cátedra presenta cuatro hornacinas trabajadas en madera fina, carey, marfil y hueso con ínfimas aplicaciones doradas. Los pequeños nichos guardan otras tantas imágenes de San Buenaventura y Santo Domingo, del Papa Sixto IV y del hispano cardenal Cisneros, según se afirma con insistencia. El tímpano exhibe el escudo franciscano con los brazos cruzados de Jesús y del Poverello con los estigmas, conjunto al que en esta ocasión acompañan el sol y la luna, también una calavera. Gran parte del trabajo está hecho en madera laqueada con fondo oscuro entre tallados, columnillas y molduras. El tornavoz lo integran muchas tallas, coronándolo un San Francisco de Asís predicando de pie sobre el mundo. Tratando de simplificar diremos que el púlpito es proto-barroco, mudéjar en sus aplicaciones y renacentista en sus molduras. Se afirma que su autor fue el fraile franciscano Pedro Gómez, tallador a quien también se le atribuye el púlpito proto-barroco de Santa Clara de Huamanga (1637). Lo cierto es que, artisticamente, este de San Francisco es digno de apreciarse de cerca. No hay que olvidar que, además de hermoso y excepcional, es el púlpito más antiguo del Cusco probablemente con el de la iglesia de Santa Catalina.
Otra joya de esta iglesia y que desgraciadamente no siempre se puede visitar es el coro alto. La sillería coral de San Francisco se debe al Hermano lego fray Luis Montes, catalán de Betelu que entró de franciscano en el Cusco el año 1632. Esto significaría que su obra es posterior, por lo que se dice que se terminó en 1652, ayudando al franciscano los seglares Isidro Fernández Inca y Antonio de Paz. El coro en cuestión presenta una magnífica sillería. Posee cuarentisiete paneles grandes con esculturas que dejan sobresalir diversos símbolos u objetos (cruces, palmas, cayados, plumas, custodias, calaveras, velos, flechas, libros, lámparas, espadas) destacando los santos martirizados con fuego, pues figuran entre llamaradas, y los que murieron decapitados, que se muestran con la cabeza derribada sobre el hombro. Los panelillos superiores suman 45 e igualmente exhiben santos degollados, con espadas clavadas, lanzas atravesadas, también hachas incrustadas en sus cuerpos. Los asientos, que son de doble factura, suman 35 en la fila delantera y 46 en la posterior.
El facistol de este coro, a no dudarlo, es el mejor del virreino. No lo hay superior en el Perú. Fue su autor fray Pedro Gómez -factible autor del púlpito-, extremeño de Lósar, quien tomó el hábito en el Cusco en 1626. Dos años después (y no en 1678, como se dice erróneamente) se concluyó la obra, según reza una inscripción aplicada en el entorno del mueble. Este facistol tiene aportaciones mudéjares, renacentistas y proto-barrocas, predominando las maderas negras y rojizas a las que se ha sabido incrustar piezas de madera laqueada o de hueso. En estos últimos materiales, precisamente, destaca en los cuatro lados del ficistol el escudo franciscano delos brazos cruzados con las manos estigmatizadas. La obra no admite competencia, rematándose con un templete igualmente de madera fina que le añade altura y completa proporción.