COFOPRI es miembro de la Comisión Calificadora de Zonas Arqueológicas Ocupadas por Asentamientos Humanos y, junto al Instituto Nacional de Cultura (INC) y el Ministerio de Educación, trabaja en la solución del problema de vivienda de los pobladores de las posesiones informales que se encuentran sobre una zona arqueológica, protegiendo el Patrimonio Cultural de la Nación.

Esta comisión depende del INC y tiene el encargo de determinar las zonas arqueológicas que se preservarán para que COFOPRI formalice el resto del área ocupada. Para ello antes debe realizarse un estudio de evaluación arqueológica.

Una vez concluido el estudio de evaluación arqueológica, el área puede ser categorizada por el INC de la siguiente manera:

Zona Arqueológica Intangible: Significa que es imposible continuar con el proceso de formalización y los pobladores deben ser reubicados.

Zona Arqueológica en Emergencia: Significa que en el área se encontraron restos arqueológicos que deben ser retirados a través de un rescate arqueológico, antes de continuar con el proceso de formalización. Para el rescate, los pobladores deben contratar a un arqueólogo habilitado por el Colegio de Arqueólogos del Perú y autorizado por el INC.

Zona Desafectable: Significa que el área no presenta restos arqueológicos y es posible continuar con el proceso de formalización.
Las categorías señaladas deben ser aprobadas por el INC mediante una resolución directoral para poder continuar con el proceso de
formalización.