Tras el descubrimiento de América por parte de Colón en 1492, el Papa Alejandro VI en 1493 promulgó las conocidas “Bulas Alejandrinas”, las cuales otorgaban “los territorios descubiertos y por descubrir a los monarcas españoles (de Castilla y Aragón) para la evangelización de los nativos”. Con la promulgación de estas Bulas por un Papa español, se da una reacción por parte de las otras coronas europeas cuestionando la autoridad del Papa, como vicario de Cristo, de conceder los territorios recién descubiertos a los monarcas españoles. Si bien la promulgación de estas Bulas no generan el inicio “oficial” de los debates entorno a los Justos Títulos que tenía España sobre las indias occidentales, es un hito importante.
Para el año de 1511, tras casi veinte años de control español en las islas del Caribe, el fraile dominico Antonio de Montesinos, el 25 de diciembre del mismo año, realiza un sermón a los encomenderos de la isla “La Española”. Como explica L. Hanke en su texto La lucha por la justicia en la conquista de america, Montesinos se quejó por la gran caída demográfica que había sufrido la isla tras la llegada de los europeos. Este colapso demográfico se había producido no solo por las enfermedades provenientes de Europa, sino también, y principalmente, por los malos tratos que sufrían los indios en las encomiendas. Tras las quejas de los encomenderos de La Española, el rey Fernando mandó a llamar a Montesinos y a un representante de los encomenderos y, tras escucharlos y sentirse horrorizado por los que estaba aconteciendo en la isla con sus vasallos (los indios), decidió reunir a un grupo de teólogos y juristas para la elaboración de “Las Leyes de Burgos” en 1512.
Las Leyes de Burgos y su reafirmación en 1513, estipulaban que los indios, al ser súbditos del monarca español, no podían ser esclavizados y sus trabajos debían de ser remunerados. Sin embargo, lo más importante, o el más importante aporte de estas leyes fue la creación del “Requerimiento”. El Requerimiento era una especie de documento en el cual se le solicitaba al rey nativo, mediante una explicación en latín sobre la creación del mundo, el poder del Papa como vicario de Cristo y la donación de éste a los reyes de España, que se someta al poder del monarca por buena manera y así pasarían a formar parte de una encomienda y, si por el contrario se resistían, los conquistadores les harían la guerra. La interpretación del Requerimiento y su traducción estaba a cargo de los indios que habían convertido en intérpretes, tras haber sido capturados y obligados a aprender español (o castellano) de marineros. Un caso conocido del uso del Requerimiento fue en los sucesos de Cajamarca en 1532.
Entre 1512 y 1542, año en que se promulgaron las Leyes Nuevas, los debates sobre la justicia en América continúan. Tanto Bartolomé de las Casas como Francisco de Vitoria, realizan un discurso de protección hacia los nativos americanos. Las Casas estaba en contra de la idea, muy difundida de Aristóteles por Tomás de Aquino, que existían diversas categorías de hombres y que los indios estaban en un nivel inferior. Así mismo, Las Casas critiaba los malos tratos que se les daba a los indios de las encomiendas. Por otro lado, también consideraba injusta la denominación “guerra justa”, ya que sostenía que los indios no habían atacado a los cristianos ni conocido la “verdadera fe”, como sí lo habían hecho los moriscos en el período de Reconquista español.
Si hay un momento en el cual Las Casas y su discurso llegan a tener un mayor peso, es con la promulgación, por Carlos I de España, V de Alemania, de las Leyes Nuevas en 1542. Entre lo que estipulaban estas leyes, se encontraba el mejor tratos hacia los naturales del territorio y sobre todo, la abolición de la perpetuidad de la encomienda. Según Hanke, se busca también eliminar las nuevas encomiendas, lo que lleva a un claro descontento por parte de los encomenderos en el territorio americano; sin embargo, las reacciones fueron diferentes. En el caso del Virreinato de Nueva España (México). solo llegaron a producirse algunas revueltas, por el hecho de que éste se había creado hacia ya varios años. El caso del Perú fue muy diferente. Las Leyes Nuevas también habían estipulado la creación del virreinato del Perú, al mismo tiempo que la eliminación de las encomiendas, algo que no le gustó a los encomenderos, lo cual conllevó a la rebelión de Gonzalo Pizarro contra las ordenanzas provenientes de la Corona y la ejecución del primer virrey del Perú.
Si bien la encomienda no llegó a ser abolida, sí llegó a ser reducida su duración a dos generaciones, lo cual representó un triunfo para el discurso lascasiano. Por su parte, los debates por la justicia en la conquista de América continuaron en la Península. Así, entre 1500 y 1551, se da en Valladolid el denominado “Gran debate” entre Las Casas y Juan Ginés de Sepúlveda. El fraile dominico seguía con su mismo discurso, el cual fue radicalizando conforme se iba desarrollando el debate, dado que Sepúlveda seguía el pensamiento aristotélico sobre la diferencia en la condición humana de los nativos.
Es con la Junta Magna de 1568 que se puede considerar que los debates por la justificación de la conquista llegaron a su fin. Se concluye el debate al llegar a la concepción de la necesidad de la presencia española en el territorio americano para “que así los indios no vuelvan a sus herejías y se condenen”. Una consecuencia de la Junta Magna para el caso del territorio andino fue le nombramiento de Francisco de Toledo como quinto virrey del Perú.