Para el siglo XVII, el gobierno virreinal tuvo que afrontar varios problemas referentes a la defensa del territorio provenientes, especialmente, de naciones extranjeras. El inicio de la colonización del territorio americano del norte, por parte de Inglaterra en 1620, significó un problema para la Corona española debido a la necesidad que tuvieron de crear nuevos espacios para proteger sus fronteras. Por otro lado, la Guerra de los Treinta años supuso un fuerte gasto para el Imperio Español, llevando al fin de la Unión Ibérica y al surgimiento de Holanda como una potencia marítima. Son las incursiones de piratas y corsarios holandeses e ingleses los que generan no solo un amplio gasto fiscal en defensa, especialmente de Lima, sino un temor en la población.
Sin embargo, es en el siglo XVIII donde se produce un mayor gasto en defensa. La Guerra de los Siete años (1756-1763), en la cual la España de los Borbones se vio directamente involucrada en sus fases iniciales también tuvo una repercusión para el Perú, dado que piratas y corsarios merodearon las costas del virreinato peruano. Es importante recalcar en este punto que con las reformas realizadas por los Borbones durante esta centuria, el territorio del Virreinato del Perú se ve reducido de una forma considerable, creándose, en 1739 el virreinato de Nueva Granada y en 1777 el Virreinato del Plata. Es durante esta centuria, que se produce el mayor levantamiento en la América española en los últimos 200 años, la Gran Rebelión de Túpac Amaru II.
Como es sabido, la Gran Rebelión afectó no solo al Sur Andino- en lo referente al comercio – sino también tuvo repercusión en la Caja Real de Lima debido a los grandes gastos que se generaron al tratar contenerla, llegando a elevarse a 1 551 432 pesos el gasto en defensa de 1780. Por otro lado, es en el último decenio del siglo XVIII cuando comienzan a vislumbrarse en el horizonte político y militar los tiempos “revueltos”, que habrán de alcanzar su máxima intensidad a partir de 1810.