El 18 de Diciembre de 1615 hacía su entrada a la Ciudad de Lima don Francisco de Borja y Aragón, Conde de Mayalde, Comendador de Azuaga y Príncipe de Esquilache, por su matrimonio con su prima doña Ana de Borja. Su nombramiento como Virrey del Perú se realizó en julio de 1614, pero diversas causas dilataron su toma de posesión.

Francisco de Borja y Aragón era hijo de don Juan de Borja y de doña Francisca de Aragón y nieto de San Francisco de Borja, cuarto Duque de Gandía, quien con la santidad de su vida había de reparar los escándalos que manchaban su apellido. Había nacido en Génova. Contrajo matrimonio con doña Ana de Borja, hija de Pedro de Borja, cuarto Príncipe de Esquilache y de doña Isabel Pignatelli, hija del Duque de Monteleón, de modo que por sí y por su consorte estaba enlazado con las casas más ilustres de España y de Nápoles.

Al llegar a Lima, el Virrey había traído en su compañía un sequito más que regular, pues la licencia se extendía a sesenta criados y veinticuatro criadas para su mujer. Vino también con él don Diego de Rojas y Borja, su primo, pero hubo de dejarle en Panamá como Maese de Campo, vista la necesidad que había de asegurar aquella plaza.

Una de las primeras atenciones del Príncipe de Esquilache fue la atención a la defensa del Reino. Esto se debió a la reciente incursión de los piratas holandeses. Su presencia, había  puesto una vez más en evidencia la necesidad de guarnecer la costa y de equipar convenientemente la armada. Asimismo, durante su gobierno se favoreció la reglamentación de los repartimientos para evitar los abusos cometidos a los indios. En el plano educacional, en 1620 creó en Lima el Colegio del Príncipe, el cual funcionó para la educación de los hijos de indios nobles. Por otro lado, en Cuzco creó en 1619 los colegios de San Francisco de Borja, para los hijos de caciques y San Bernardo, exclusivo  para los hijos  de conquistadores.

Fuente consultada:
Vargas Ugarte, Rubén. Historia General del Perú. Tomo III. Lima: Editor Carlos Milla Batres, 1966