Una clase aplicativa de los organizadores gráficos es el software para elaborar los denominados mapas mentales, también llamados “procesadores de ideas”. Son herramientas con diverso grado de facilidad y prestaciones para crear, editar, guardar e imprimir estas construcciones visuales o representaciones de conceptos, problemas, situaciones, ideas, redes de significados, etc. En el campo del open source o software libre hay muchas posibilidades para descargar y usar tales herramientas. En el caso del software comercial también hay versiones gratuitas o de vigencia limitada que pueden aprovecharse.

Algunos de los software disponibles son Cmaps Tool , FreeMind y DigiDocMap. Estos nos permite potenciar la construcción de modelos de conocimiento representados en mapas conceptuales así como navegar y compartir dichas representaciones a la vez que se formulan críticas y análisis de tales conocimientos. Otras alternativas son ConceptDraw Mindmap, Shared Space, Omni Graffle, MyMind, Visual Mind, MindPapper, MindManager, Brain Mine, Comapping, etc. con versiones de prueba o tiempo limitado.

Uno de los programas más destacados es Axon2008, la primera aplicación que se presentó como un “procesador de ideas”, proporcionando un entorno flexible de soporte o como plataforma virtual de apoyo al proceso de pensamiento. Axon2008 no establece un esquema jerárquico o rígido de trabajo y no se centra en los diagramas resultantes sino en los procesos que conducen a ellos. Además trae una biblioteca de esquemas y diagramas que pueden ser utilizados libremente al crear un mapa mental o representación congitiva.