Existen muchas fuentes de información que proveen listas inmensas de software GIS. Sin embargo es importante discriminar el software y verificar que es útil y pertinente a lo que se desee hacer.

Las listas que he encontrado y me han ayudado son :

Edit: Mi listado clasificado y con comentarios puede ser visto en Listado Clasificado de Software GISOSGeo.org: Muy Recomendado
http://www.osgeo.org/

MapTools.org:Muy Recomendado
http://www.maptools.org/

FreeGIS (FOSSGIS):
http://www.freegis.org/database/?cat=0&_ZopeId=24185925A3.PBihxbN0

Open Source GIS: Lista sumamente amplia pero muchos de sus links están rotos o son proyectos para cosas particulares, no herramientas.
http://opensourcegis.org/

Wikipedia: La fuente mas confiable de información
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_GIS_software

http://es.wikipedia.org/wiki/Sistema_de_Informaci%C3%B3n_Geogr%C3%A1fica#Comparativa_de_software_SIG

http://es.wikipedia.org/wiki/Categor%C3%ADa:Sistemas_de_Informaci%C3%B3n_Geogr%C3%A1fica

http://en.wikipedia.org/wiki/Category:GIS_software

giswiki:
http://www.en.giswiki.org/wiki/Category:Software

SourceForge: Búsqueda de proyectos GIS en SourceForge
http://sourceforge.net/search/?words=gis&type_of_search=soft

Además muchas de estas páginas además contienen links a mucha más información interesante.

NOTA: en algún lugar también en algún momento he descargado un listado muy completo que mencionaba incluso usabilidad y dificultad de instalación, pero lo borré. Si alguien me comentara donde lo puedo encontrar le estaría eternamente agradecido.

NOTA: Encontré el articulo que buscaba aqui. Que proviene de la siguiente dirección http://www.spatialserver.net/osgis/