El plan de estudios de la Maestría en Economía comprende cuatro semestres académicos, cada uno con una carga académica de 12 créditos. El primer semestre está conformado por cursos básicos de microeconomía, macroeconomía, econometría y economía matemática. Este semestre intermedio de la maestría en Economía se dicta una vez al año, de marzo a julio.

El segundo semestre está conformado por cursos de econometría, microeconomía y macroeconomía de nivel avanzado, así como por un seminario de investigación económica. Debe indicarse que existen dos cursos de econometría avanzada, uno compuesto por técnicas de estimación con series de tiempo y otro por técnicas de estimación con datos en panel y corte transversal.

A partir del tercer semestre la Maestría en Economía de la PUCP ofrece cuatro áreas de especialización en:

____1. Regulación y Políticas Públicas.
____2. Finanzas y Mercados de Capitales.
____3. Desarrollo Económico.
____4. Teoría Económica.

Cada una de estas especialidades está compuesta por cursos obligatorios y electivos, correspondientes al tercer y cuarto semestre de la maestría. Se pueden escoger los cursos electivos entre las asignaturas ofrecidas, que pueden ser del área de especialización respectiva, de los electivos comunes de la Maestría en Economía, o incluso de otras maestrías afines de la PUCP.

El programa de la Maestría en Economía tiene un plan de estudios de tipo modular, en el cual cada curso esta dividido en cuatro partes o módulos. Este esquema permite contar con una plana docente más especializada y con la participación de profesores procedentes de universidades del exterior.

Además, como parte del plan de articulación vertical, los alumnos del pregrado en Economía pueden adelantar cursos de la Maestría como parte de los cursos electivos conducentes a la obtención del grado de Bachiller. Luego, dichos alumnos, pueden completar el plan de estudios de la Maestría siguiendo un año más de asignaturas del Programa, relativos a la especialidad que elijan.

De acuerdo al nuevo plan de estudios de la Escuela de Posgrado la aprobación del curso Seminario de Tesis 2, obliga al alumno a graduarse con el grado de Magíster en Economía.