Lamentablemente, la historia de esta aerolínea estuvo marcada por la tragedia debido a varios accidentes que costaron la vida a decenas de personas. La compañía LANSA no se distinguió por la calidad de su servicio a pesar de su lema comercial: Con LANSA el Perú avanza. Fue fundada en noviembre de 1963 por el empresario Alfonso Prado Vargas. El objetivo de la compañía era prestar servicios domésticos desde Lima hacia el interior del país. Así, en enero de 1964 comenzaron sus operaciones y promover puntos turísticos, como Machu Picchu (Cuzco) y Chan Chan (Trujillo).

Entre los accidentes de amargo recuerdo estuvieron:

a. El 27 de abril de 1966, un Lockheed L-749 cayó en el monte Talsula, cerca de Yauyos, y murieron sus 49 ocupantes.
b. El 9 de agosto de 1970 el OB-R-939, bautizado "Tupac Amaru", se estrelló a unos minutos luego de despegar del aeropuerto del Cusco, y murieron 92 pasajeros y 7 tripulantes.
c. El 24 de diciembre de 1971, el OB-R-941, bautizado "Mateo Pumacahua", explotó en el aire en medio de una tormenta debido al impacto de un rayo mientras se aproximaba a la ciudad de Pucallpa, y murieron 91 pasajeros (este accidente tuvo algo muy singular: el avión desapareció sin dejar rastro pero 11 días después salió de la selva, por sus propios medios, una muchacha alemana, Julianne Koepke, de 17 años, única sobreviviente de la tragedia).

Luego del último desastre, la licencia de LANSA no fue renovada. El 3 de enero de 1972, mediante resolución ministerial, la autorización de funcionamiento fue cancelada. LANSA apeló, pero el recurso no fue aceptado.