Fue la empresa que operó desde 1957 hasta comienzos de 1971, y llevó los colores del Perú al mundo. Mantuvo rutas importantes hacia Los Ángeles, Miami, México, Acapulco, San Salvador, Managua y Tegucigalpa (en convenio con la hondureña TAN), Panamá, Caracas, Barranquilla, Bogotá, Quito, Guayaquil, Santiago, Buenos Aires, Montevideo, Asunción, Río de Janeiro, Sao Paulo, cubriendo dichos destinos con los modernos Convair 990A Fanjet, los aviones más veloces del mundo, y los que más combustible consumían también. Hacia finales de los años 1960, daría inicio a sus rutas transatlánticas con vuelos directos hacia Londres, Madrid y París, operando con los funcionales Douglas DC 8-52 en operación conjunta con la española Iberia, quien formó parte de la aerolínea peruana como accionista. Dicha ruta comenzaba en la ciudad de La Paz, continuando hacia la base Lima, para luego hacer escalas en Bogotá, Caracas, Islas Canarias, Madrid, París y Londres, como destino final. El “Antarqui” era el símbolo de la aerolínea.

En 1967, APSA cumplía 10 años surcando los cielos de América, cuando en el antiguo aeropuerto de Limatambo un avión “Curtis” C-16, con su tripulación y 40 pasajeros abordo, cubría la ruta internacional Lima-Antofagasta-Santiago en 9 horas de vuelo. La compañía fue ampliando sus rutas y en agosto de 1967 sus aviones llegaban a Guayaquil, Managua y Tegucigalpa. Los domingos un jet volaba de Lima a Los Ángeles con escala en Acapulco; ese mismo día, otro jet salía a Miami con escala en Bogotá y un DC-7 también a Miami con escala en Panamá. Los lunes y miércoles otros dos vuelos salían a Miami y Los Ángeles. Respecto al sur del continente, un lunes volaba un APSA a Santiago y Buenos Aires; los miércoles los hacía Río de Janeiro, Santiago y Buenos Aires con conexión a Sao Paulo; los sábados, nuevamente a Buenos Aires y Río de Janeiro. De los 15 pilotos que servían, 7 eran peruanos, graduados luego de recibir intenso entrenamiento en Estados Unidos y Suiza.

En 1971 APSA afrontaba una seria situación económica debido a la imprevisión y falta de planteamientos lógicos elementales e intereses de sus directivos que, demostrando falta de responsabilidad, no vacilaron en arrastrar a la empresa en cuantiosas deudas comprometiendo las acciones de los 8 mil peruanos que la sostenían (el 78% de las acciones eran peruanas; el 22% restante estaba en poder del “Shelton Trust”, que intervino en la fundación de la empresa). La empresa estaba apunto de quebrar. Un informe del gobierno acusó a los directivos y ejecutivos de APSA sobre defraudación tributaria en agravio del Estado y autorizó a ejecutar acciones penales. Se supo que la empresa tenía una deuda de de 22 millones de dólares con un agente neoyorquino de compañías aéreas. El gobierno peruano, que ya tenía en mente la creación de una línea aérea nacional (la futura AEROPERÚ) que cubriera los servicios interno e internacional, bajo control del Estado, decidió no intervenir en APSA para no cargar con la deuda. Había que dejarla quebrar. En suma, la quiebra de APSA fue un verdadero escándalo financiero en el que el gobierno de Velasco, inflexible, decidió no reflotar la empresa.