En lo que hoy corresponde a la jurisdicción del distrito de San Borja, se desarrolló, durante el Intermedio Tardío, la cultura Ichma, que construyó el Complejo Arqueológico Limatambo, hoy prácticamente destruido, y donde vivió Taulichusco, el último curaca de Lima. Su último vestigio es una huaca ubicada en medio de las Torres de Limatambo.

Sin embargo, en este distrito, mejor conservada y digna de ser visitada, es la Huaca San Borja, ubicada en la esquina de las avenidas Canadá y De la Arqueología. Fue construida por la cultura Ichma y está conformada por una pirámide trunca, de aproximadamente unos 8 metros de altura, hecha de tapia. Tiene también un muro elevado perimetral que rodea tres de los cuatro lados del conjunto, también hecho de tapia y que estuvo pintado de blanco. Fue un palacio administrativo principal, en las influencias del Canal Huatita, integrado al desaparecido conjunto Limatambo. Lo interesante es que el sitio estuvo ocupado desde antes de la conquista inca de la zona hasta los principios de la época colonial y republicana. Prueba de ello es que en su cima se han encontrado los cimientos de una casa-hacienda colonial y viviendas republicanas.


POr su parte, en San Luis, dentro de la Villa Deportiva Nacional (VIDENA) y del Parque Zonal Túpac Amaru, junto a la avenida Canadá, se encuentran las huacas Túpac Amaru A y Túpac Amaru B. Pertenecieron a la cultura Lima (300 a 600 d.C.) y se trató de pequeños centros administrativos orientados al control del agua del Canal huatita. Son dos pequeñas plataformas cuadrangulares hechas con muros de adobitos y tapial. Ambos sitios fueron declarados Patrimonio Cultural de la Nación en 2006.